該平臺直接對接人體樣本的RNA二代測序原始數(shù)據(jù)，具有對數(shù)據(jù)全自動質(zhì)量控制、拼接和病毒組成分析等功能，實現(xiàn)了快速檢測樣本中可能存在的包括新型冠狀病毒在內(nèi)的各種病毒，并在線分析其相對載量。
基因組測序是新型冠狀病毒疑似病例確診的病原學(xué)證據(jù)之一，國家衛(wèi)健委在對《新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案(試行第五版)》進(jìn)行解讀時，還對鑒別診斷要求“單從臨床表現(xiàn)、胸部影像學(xué)難以鑒別，需依靠病原學(xué)檢測來區(qū)分。” 基于基因組分析結(jié)果，可精準(zhǔn)識別病毒基因特性，監(jiān)測病毒變異趨勢，在疫情防控、疾病診治、藥物篩選、疫苗設(shè)計與藥物研發(fā)等工作中發(fā)揮著不可替代的基礎(chǔ)性的作用;也將支撐病毒朔源、變異進(jìn)化、致病機(jī)理等研究工作。
VIC平臺實現(xiàn)了從病毒組基因組測序到基因組拼接與鑒定的“一鍵式”自動化服務(wù)，極大簡化了操作流程。各醫(yī)院只需上傳病例原始數(shù)據(jù)至VIC平臺(見網(wǎng)址)，即可觸發(fā)病毒基因分析流程，并獲得該病例的全基因組分析結(jié)果。VIC得到華為云容器平臺強(qiáng)大計算能力的支持，可提供高通量多樣本并行云端分析能力。分析結(jié)果不僅能為全面分析患者的呼吸道病毒組，研究其致病因子提供支撐，亦可助力臨床診斷，為采用相應(yīng)的治療措施提供參考，同時還可監(jiān)測病毒變異趨勢，便于提前做出應(yīng)對措施。
VIC由中國科學(xué)院上海巴斯德研究所大數(shù)據(jù)平臺設(shè)計，由中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)中心開發(fā)、運維并提供技術(shù)支撐，由華為云基因容器提供云服務(wù)技術(shù)支撐。VIC平臺只作為一個計算平臺，所有的數(shù)據(jù)權(quán)利屬于數(shù)據(jù)提供方，平臺不使用用戶數(shù)據(jù)去發(fā)表任何科研論文。在疫情結(jié)束前，VIC面向科研用戶免費開放。目前，上海市公共衛(wèi)生臨床中心，上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院、中國科學(xué)院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院作為平臺的首批用戶，已在VIC上完成了批量新型冠狀病毒肺炎患者樣本的基因組原始測序數(shù)據(jù)分析。
平臺的服務(wù)網(wǎng)址是http://www.biosino.org/vic/ 和
http://hvic.biosino.org/
聯(lián)系方式：ncov@picb.ac.cn
